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chr1	38817632	38817948	317	*	Distal Intergenic	64121	ENST00000474456.1	30126	RRAGC	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000287,GO:0003924,GO:0003924,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005525,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005764,GO:0005764,GO:0005829,GO:0006351,GO:0006915,GO:0007050,GO:0007264,GO:0008380,GO:0009267,GO:0010506,GO:0016241,GO:0019003,GO:0019003,GO:0032006,GO:0032008,GO:0034198,GO:0034448,GO:0034613,GO:0043200,GO:0043231,GO:0046982,GO:0051020,GO:0071230,GO:0071230,GO:1903432,GO:1990131"	"hsa04140,hsa04150,hsa05131"
chr1	38818765	38818986	222	*	Distal Intergenic	64121	ENST00000474456.1	29088	RRAGC	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000287,GO:0003924,GO:0003924,GO:0005515,GO:0005525,GO:0005525,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005764,GO:0005764,GO:0005829,GO:0006351,GO:0006915,GO:0007050,GO:0007264,GO:0008380,GO:0009267,GO:0010506,GO:0016241,GO:0019003,GO:0019003,GO:0032006,GO:0032008,GO:0034198,GO:0034448,GO:0034613,GO:0043200,GO:0043231,GO:0046982,GO:0051020,GO:0071230,GO:0071230,GO:1903432,GO:1990131"	"hsa04140,hsa04150,hsa05131"
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chr1	65265758	65266178	421	*	Promoter (<=1kb)	9829	ENST00000483402.1	994	DNAJC6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004725,GO:0005737,GO:0005829,GO:0014069,GO:0016191,GO:0016191,GO:0017124,GO:0030276,GO:0031982,GO:0035335,GO:0043231,GO:0061024,GO:0072318,GO:0072583,GO:0098793,GO:2000369"	hsa04144
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chr1	68405954	68406196	243	*	Distal Intergenic	6121	ENST00000262340.6	43758	RPE65	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001523,GO:0001523,GO:0001786,GO:0001895,GO:0003407,GO:0004744,GO:0005634,GO:0005789,GO:0005886,GO:0006776,GO:0007601,GO:0007623,GO:0008286,GO:0010468,GO:0016020,GO:0016702,GO:0016853,GO:0031210,GO:0042572,GO:0042574,GO:0044297,GO:0046872,GO:0050251,GO:0050908,GO:0052884,GO:0052884,GO:0052885,GO:0052885,GO:0060042,GO:0071257,GO:1901612,GO:1901827,GO:1901827"	hsa00830
chr1	68431459	68431743	285	*	"Exon (ENST00000262340.6/6121, exon 11 of 14)"	6121	ENST00000262340.6	18211	RPE65	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001523,GO:0001523,GO:0001786,GO:0001895,GO:0003407,GO:0004744,GO:0005634,GO:0005789,GO:0005886,GO:0006776,GO:0007601,GO:0007623,GO:0008286,GO:0010468,GO:0016020,GO:0016702,GO:0016853,GO:0031210,GO:0042572,GO:0042574,GO:0044297,GO:0046872,GO:0050251,GO:0050908,GO:0052884,GO:0052884,GO:0052885,GO:0052885,GO:0060042,GO:0071257,GO:1901612,GO:1901827,GO:1901827"	hsa00830
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chr1	75679224	75679444	221	*	"Intron (ENST00000648424.1/204962, intron 2 of 2)"	204962	ENST00000433521.2	44567	SLC44A5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005886,GO:0006656,GO:0016020,GO:0016021,GO:0022857,GO:0055085,GO:0055085"	hsa05231
chr1	75697618	75697998	381	*	"Intron (ENST00000648424.1/204962, intron 2 of 2)"	204962	ENST00000433521.2	26013	SLC44A5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005886,GO:0006656,GO:0016020,GO:0016021,GO:0022857,GO:0055085,GO:0055085"	hsa05231
chr1	75698223	75698551	329	*	"Intron (ENST00000648424.1/204962, intron 2 of 2)"	204962	ENST00000433521.2	25460	SLC44A5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005886,GO:0006656,GO:0016020,GO:0016021,GO:0022857,GO:0055085,GO:0055085"	hsa05231
chr1	75777862	75778285	424	*	"Intron (ENST00000528016.1/5876, intron 3 of 4)"	5876	ENST00000496055.5	-7912	RABGGTB	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004663,GO:0004663,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005968,GO:0005968,GO:0006464,GO:0007601,GO:0008270,GO:0018215,GO:0018342,GO:0018344,GO:0018344,GO:0031267,GO:0042981,GO:0043687"	NA
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chr1	77275249	77275481	233	*	Distal Intergenic	26289	ENST00000354567.7	-6538	AK5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004017,GO:0004550,GO:0004550,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006165,GO:0006165,GO:0006172,GO:0006173,GO:0009142,GO:0009142,GO:0009220,GO:0015949,GO:0034451,GO:0046034,GO:0046940"	"hsa00230,hsa00730,hsa01100,hsa01240"
chr1	77282260	77283174	915	*	Promoter (<=1kb)	26289	ENST00000344720.9	0	AK5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004017,GO:0004550,GO:0004550,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006165,GO:0006165,GO:0006172,GO:0006173,GO:0009142,GO:0009142,GO:0009220,GO:0015949,GO:0034451,GO:0046034,GO:0046940"	"hsa00230,hsa00730,hsa01100,hsa01240"
chr1	77313565	77313854	290	*	"Exon (ENST00000317704.8/26289, exon 6 of 6)"	26289	ENST00000524494.1	15710	AK5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004017,GO:0004550,GO:0004550,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006165,GO:0006165,GO:0006172,GO:0006173,GO:0009142,GO:0009142,GO:0009220,GO:0015949,GO:0034451,GO:0046034,GO:0046940"	"hsa00230,hsa00730,hsa01100,hsa01240"
chr1	77412115	77412375	261	*	"Intron (ENST00000354567.7/26289, intron 7 of 13)"	26289	ENST00000527263.1	-5318	AK5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004017,GO:0004550,GO:0004550,GO:0005524,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006165,GO:0006165,GO:0006172,GO:0006173,GO:0009142,GO:0009142,GO:0009220,GO:0015949,GO:0034451,GO:0046034,GO:0046940"	"hsa00230,hsa00730,hsa01100,hsa01240"
chr1	77888199	77888418	220	*	Promoter (<=1kb)	91624	ENST00000401035.7	-95	NEXN	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005886,GO:0005886,GO:0005912,GO:0005925,GO:0007156,GO:0007411,GO:0008307,GO:0015629,GO:0030018,GO:0030334,GO:0030424,GO:0051015,GO:0051493,GO:0070593,GO:0098632"	NA
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chr1	78310068	78310941	874	*	"Intron (ENST00000413519.1/149047, intron 3 of 5)"	5737	ENST00000370758.5	6184	PTGFR	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004958,GO:0004958,GO:0005576,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006954,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007204,GO:0007567,GO:0008284,GO:0010628,GO:0032355,GO:0032496,GO:0035584,GO:0043066,GO:0071799"	"hsa04020,hsa04072,hsa04080"
chr1	78329350	78329699	350	*	"Intron (ENST00000413519.1/149047, intron 3 of 5)"	5737	ENST00000370758.5	25466	PTGFR	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004958,GO:0004958,GO:0005576,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006954,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007204,GO:0007567,GO:0008284,GO:0010628,GO:0032355,GO:0032496,GO:0035584,GO:0043066,GO:0071799"	"hsa04020,hsa04072,hsa04080"
chr1	78353898	78354156	259	*	"Intron (ENST00000413519.1/149047, intron 4 of 5)"	5737	ENST00000370758.5	50014	PTGFR	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004958,GO:0004958,GO:0005576,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006954,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007204,GO:0007567,GO:0008284,GO:0010628,GO:0032355,GO:0032496,GO:0035584,GO:0043066,GO:0071799"	"hsa04020,hsa04072,hsa04080"
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chr1	78521983	78522221	239	*	"Intron (ENST00000370758.5/5737, intron 3 of 3)"	5737	ENST00000370756.3	30911	PTGFR	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004958,GO:0004958,GO:0005576,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006954,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007204,GO:0007567,GO:0008284,GO:0010628,GO:0032355,GO:0032496,GO:0035584,GO:0043066,GO:0071799"	"hsa04020,hsa04072,hsa04080"
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chr1	112509059	112509617	559	*	Promoter (<=1kb)	7482	ENST00000369684.5	94	WNT2B	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002062,GO:0002088,GO:0005109,GO:0005125,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005615,GO:0008584,GO:0009267,GO:0016055,GO:0021871,GO:0030182,GO:0030182,GO:0043231,GO:0045165,GO:0060070,GO:0060070,GO:0060070,GO:0060492,GO:0060638,GO:0061072,GO:0061303,GO:0062023,GO:0071425,GO:0090190"	"hsa04150,hsa04310,hsa04390,hsa04550,hsa04916,hsa04934,hsa05010,hsa05022,hsa05165,hsa05200,hsa05205,hsa05217,hsa05224,hsa05225,hsa05226"
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chr1	114808754	114809193	440	*	Distal Intergenic	80143	ENST00000466657.1	-28069	SIKE1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005829,GO:0019901,GO:0031267"	hsa04622
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chr1	159065097	159065316	220	*	"Intron (ENST00000695579.1/9447, intron 3 of 4)"	9447	ENST00000481829.5	7949	AIM2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002218,GO:0002218,GO:0002230,GO:0003690,GO:0003690,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006915,GO:0006954,GO:0006955,GO:0032088,GO:0032731,GO:0033209,GO:0035458,GO:0035690,GO:0042802,GO:0044546,GO:0045087,GO:0051092,GO:0070269,GO:0097169,GO:0097169,GO:1904270,GO:2001056"	"hsa04621,hsa04623"
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chr1	159078023	159078344	322	*	Promoter (1-2kb)	9447	ENST00000368130.9	-1257	AIM2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002218,GO:0002218,GO:0002230,GO:0003690,GO:0003690,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006915,GO:0006954,GO:0006955,GO:0032088,GO:0032731,GO:0033209,GO:0035458,GO:0035690,GO:0042802,GO:0044546,GO:0045087,GO:0051092,GO:0070269,GO:0097169,GO:0097169,GO:1904270,GO:2001056"	"hsa04621,hsa04623"
chr1	159122430	159122755	326	*	"Exon (ENST00000695581.1/9447, exon 3 of 4)"	9447	ENST00000695580.1	9571	AIM2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002218,GO:0002218,GO:0002230,GO:0003690,GO:0003690,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006915,GO:0006954,GO:0006955,GO:0032088,GO:0032731,GO:0033209,GO:0035458,GO:0035690,GO:0042802,GO:0044546,GO:0045087,GO:0051092,GO:0070269,GO:0097169,GO:0097169,GO:1904270,GO:2001056"	"hsa04621,hsa04623"
chr1	159124872	159125124	253	*	"Intron (ENST00000695579.1/9447, intron 2 of 4)"	9447	ENST00000695580.1	7202	AIM2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002218,GO:0002218,GO:0002230,GO:0003690,GO:0003690,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006915,GO:0006954,GO:0006955,GO:0032088,GO:0032731,GO:0033209,GO:0035458,GO:0035690,GO:0042802,GO:0044546,GO:0045087,GO:0051092,GO:0070269,GO:0097169,GO:0097169,GO:1904270,GO:2001056"	"hsa04621,hsa04623"
chr1	159130915	159131177	263	*	Promoter (1-2kb)	9447	ENST00000695580.1	1149	AIM2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002218,GO:0002218,GO:0002230,GO:0003690,GO:0003690,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006915,GO:0006954,GO:0006955,GO:0032088,GO:0032731,GO:0033209,GO:0035458,GO:0035690,GO:0042802,GO:0044546,GO:0045087,GO:0051092,GO:0070269,GO:0097169,GO:0097169,GO:1904270,GO:2001056"	"hsa04621,hsa04623"
chr1	159135817	159136099	283	*	"Intron (ENST00000695579.1/9447, intron 1 of 4)"	9447	ENST00000695580.1	-3491	AIM2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002218,GO:0002218,GO:0002230,GO:0003690,GO:0003690,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006915,GO:0006954,GO:0006955,GO:0032088,GO:0032731,GO:0033209,GO:0035458,GO:0035690,GO:0042802,GO:0044546,GO:0045087,GO:0051092,GO:0070269,GO:0097169,GO:0097169,GO:1904270,GO:2001056"	"hsa04621,hsa04623"
chr1	159163685	159164195	511	*	"Intron (ENST00000695582.1/9447, intron 1 of 3)"	57863	ENST00000368124.8	-7414	CADM3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005886,GO:0005911,GO:0007156,GO:0007157,GO:0016021,GO:0034332,GO:0042803"	hsa04514
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chr1	159172016	159172458	443	*	Promoter (<=1kb)	57863	ENST00000416746.1	257	CADM3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005886,GO:0005911,GO:0007156,GO:0007157,GO:0016021,GO:0034332,GO:0042803"	hsa04514
chr1	159181481	159181770	290	*	"Intron (ENST00000368124.8/57863, intron 1 of 9)"	9447	ENST00000695582.1	6073	AIM2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002218,GO:0002218,GO:0002230,GO:0003690,GO:0003690,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006915,GO:0006954,GO:0006955,GO:0032088,GO:0032731,GO:0033209,GO:0035458,GO:0035690,GO:0042802,GO:0044546,GO:0045087,GO:0051092,GO:0070269,GO:0097169,GO:0097169,GO:1904270,GO:2001056"	"hsa04621,hsa04623"
chr1	159182092	159182311	220	*	"Intron (ENST00000368124.8/57863, intron 1 of 9)"	9447	ENST00000695582.1	5532	AIM2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002218,GO:0002218,GO:0002230,GO:0003690,GO:0003690,GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006915,GO:0006954,GO:0006955,GO:0032088,GO:0032731,GO:0033209,GO:0035458,GO:0035690,GO:0042802,GO:0044546,GO:0045087,GO:0051092,GO:0070269,GO:0097169,GO:0097169,GO:1904270,GO:2001056"	"hsa04621,hsa04623"
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chr1	159238092	159238407	316	*	Distal Intergenic	100131825	ENST00000609696.1	-30119	CADM3-AS1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr1	159314201	159314592	392	*	Promoter (<=1kb)	441911	ENST00000649616.1	67	OR10J3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr1	159465134	159465364	231	*	Promoter (<=1kb)	105371462	ENST00000412932.1	-957	LINC02819	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr1	159465890	159466219	330	*	Promoter (<=1kb)	105371462	ENST00000412932.1	-102	LINC02819	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr1	159493877	159494096	220	*	Distal Intergenic	105371462	ENST00000412932.1	27556	LINC02819	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr1	159529121	159529397	277	*	"Intron (ENST00000693113.1/107985215, intron 2 of 2)"	127385	ENST00000334857.3	6610	OR10J5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004984,GO:0004993,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007187,GO:0007268,GO:0030425,GO:0030594,GO:0045202,GO:0050911,GO:0098664"	hsa04740
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chr1	159538238	159538568	331	*	Promoter (2-3kb)	127385	ENST00000334857.3	-2231	OR10J5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004984,GO:0004993,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007187,GO:0007268,GO:0030425,GO:0030594,GO:0045202,GO:0050911,GO:0098664"	hsa04740
chr1	159574150	159574369	220	*	"Intron (ENST00000693113.1/107985215, intron 2 of 2)"	107985215	ENST00000693113.1	7128	LOC107985215	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr1	159574566	159574890	325	*	"Intron (ENST00000693113.1/107985215, intron 2 of 2)"	107985215	ENST00000693113.1	6607	LOC107985215	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr10	85904310	85904529	220	*	"Intron (ENST00000327946.12/2894, intron 5 of 15)"	2894	ENST00000552278.2	-291177	GRID1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004970,GO:0005886,GO:0008066,GO:0015276,GO:0034220,GO:0035176,GO:0035235,GO:0035249,GO:0038023,GO:0045211,GO:0050804,GO:0060078,GO:0070062,GO:0098978,GO:0099061,GO:1904315"	hsa04080
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chr10	85950725	85951089	365	*	"Intron (ENST00000327946.12/2894, intron 4 of 15)"	442911	ENST00000362234.2	313699	MIR346	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0035195,GO:0042986,GO:0045975,GO:0048027,GO:1902004"	NA
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chr11	28604497	28604742	246	*	Distal Intergenic	105376602	ENST00000505409.1	-74441	LINC02758	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr11	29430934	29431304	371	*	"Intron (ENST00000525097.1/105376605, intron 2 of 3)"	105376605	ENST00000525097.1	162991	LINC02755	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr11	83621890	83622385	496	*	"Intron (ENST00000280241.12/1740, intron 13 of 21)"	101929043	ENST00000531424.5	-21217	DLG2-AS2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr11	83632100	83632324	225	*	"Exon (ENST00000529111.5/1740, exon 14 of 14)"	101929043	ENST00000531424.5	-11278	DLG2-AS2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr11	83633311	83633534	224	*	5 UTR	101929043	ENST00000531424.5	-10068	DLG2-AS2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr11	128823368	128823705	338	*	Distal Intergenic	3758	ENST00000392664.2	18829	KCNJ1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005242,GO:0005524,GO:0005546,GO:0005886,GO:0005886,GO:0006813,GO:0007588,GO:0008076,GO:0015272,GO:0034765,GO:1990573"	"hsa04960,hsa04971"
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chr12	27965100	27965374	275	*	"Intron (ENST00000538113.1/ENST00000538113.1, intron 1 of 1)"	5744	ENST00000538310.1	4120	PTHLH	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001501,GO:0002076,GO:0005179,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005829,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007189,GO:0007267,GO:0007565,GO:0008284,GO:0008285,GO:0008544,GO:0010468,GO:0030282,GO:0032330,GO:0032331,GO:0046058,GO:0051428,GO:0051428,GO:0061182"	hsa04928
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chr12	27974265	27975619	1355	*	Promoter (1-2kb)	5744	ENST00000545234.6	-1532	PTHLH	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001501,GO:0002076,GO:0005179,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005829,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007189,GO:0007267,GO:0007565,GO:0008284,GO:0008285,GO:0008544,GO:0010468,GO:0030282,GO:0032330,GO:0032331,GO:0046058,GO:0051428,GO:0051428,GO:0061182"	hsa04928
chr12	27975768	27976229	462	*	Distal Intergenic	5744	ENST00000545234.6	-3035	PTHLH	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001501,GO:0002076,GO:0005179,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005829,GO:0007186,GO:0007189,GO:0007189,GO:0007267,GO:0007565,GO:0008284,GO:0008285,GO:0008544,GO:0010468,GO:0030282,GO:0032330,GO:0032331,GO:0046058,GO:0051428,GO:0051428,GO:0061182"	hsa04928
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chr12	66207148	66207496	349	*	"Intron (ENST00000261233.9/11213, intron 2 of 11)"	11213	ENST00000457197.2	17891	IRAK3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000287,GO:0001960,GO:0002755,GO:0004674,GO:0004674,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005886,GO:0006468,GO:0009615,GO:0010933,GO:0010936,GO:0019221,GO:0019221,GO:0032088,GO:0032494,GO:0032496,GO:0032695,GO:0032695,GO:0032695,GO:0032715,GO:0032715,GO:0032720,GO:0032720,GO:0034122,GO:0035556,GO:0042177,GO:0042803,GO:0043242,GO:0043244,GO:0043330,GO:0043407,GO:0043407,GO:0045824,GO:0046777,GO:0046982,GO:0051092,GO:0051092,GO:0070498,GO:0070498,GO:0070555,GO:0106310,GO:0106311"	hsa04722
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chr12	67077108	67077367	260	*	"Intron (ENST00000652412.1/102724421, intron 3 of 4)"	23426	ENST00000535721.1	-7946	GRIP1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005789,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0008013,GO:0008022,GO:0014069,GO:0016358,GO:0030159,GO:0030425,GO:0031410,GO:0035259,GO:0035259,GO:0035556,GO:0043005,GO:0043204,GO:0045121,GO:0045211,GO:0098887,GO:0098978,GO:0099003,GO:0150012"	NA
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chr15	28093977	28094321	345	*	"Intron (ENST00000353809.9/4948, intron 1 of 22)"	4948	ENST00000431101.1	4972	OCA2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005215,GO:0005302,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005765,GO:0005789,GO:0006726,GO:0007286,GO:0008283,GO:0010008,GO:0015828,GO:0016021,GO:0030318,GO:0033162,GO:0042438,GO:0055085"	NA
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chr15	28978149	28978540	392	*	"Intron (ENST00000561069.5/321, intron 2 of 14)"	321	ENST00000558206.1	-11879	APBA2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001540,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0007268,GO:0007399,GO:0008021,GO:0015031,GO:0042802,GO:0043197"	NA
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chr15	34514365	34514888	524	*	Distal Intergenic	100422845	ENST00000408138.1	13483	MIR1233-2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr18	34592986	34593251	266	*	Promoter (<=1kb)	1837	ENST00000683370.1	0	DTNA	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005886,GO:0006941,GO:0007165,GO:0007268,GO:0007274,GO:0008270,GO:0030054,GO:0032991,GO:0045111,GO:0045202,GO:0099536"	NA
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chr3	115713401	115713639	239	*	"Intron (ENST00000305124.11/2596, intron 2 of 2)"	2596	ENST00000393780.3	89891	GAP43	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001786,GO:0005515,GO:0005516,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007205,GO:0009611,GO:0010001,GO:0014069,GO:0016198,GO:0030425,GO:0031103,GO:0031527,GO:0032584,GO:0035727,GO:0040008,GO:0042246,GO:0043204,GO:0045165,GO:0051489,GO:0098982,GO:0099150,GO:1901981"	NA
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chr3	122189966	122190251	286	*	"Intron (ENST00000639785.2/846, intron 1 of 6)"	846	ENST00000643573.1	5534	CASR	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001503,GO:0002931,GO:0004435,GO:0004930,GO:0004930,GO:0005178,GO:0005509,GO:0005509,GO:0005513,GO:0005513,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006874,GO:0006874,GO:0006915,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007193,GO:0007200,GO:0007254,GO:0007635,GO:0008284,GO:0009653,GO:0009986,GO:0010628,GO:0016323,GO:0016324,GO:0016597,GO:0019901,GO:0032024,GO:0032781,GO:0032782,GO:0035729,GO:0042311,GO:0042803,GO:0043025,GO:0043679,GO:0044325,GO:0045907,GO:0048754,GO:0050927,GO:0051924,GO:0060613,GO:0070374,GO:0070509,GO:0071305,GO:0071333,GO:0071404,GO:0071456,GO:0071774,GO:0090280,GO:1901653,GO:1902476"	"hsa04621,hsa04928"
chr3	122199893	122200129	237	*	"Intron (ENST00000639785.2/846, intron 1 of 6)"	846	ENST00000643573.1	15461	CASR	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001503,GO:0002931,GO:0004435,GO:0004930,GO:0004930,GO:0005178,GO:0005509,GO:0005509,GO:0005513,GO:0005513,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006874,GO:0006874,GO:0006915,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007193,GO:0007200,GO:0007254,GO:0007635,GO:0008284,GO:0009653,GO:0009986,GO:0010628,GO:0016323,GO:0016324,GO:0016597,GO:0019901,GO:0032024,GO:0032781,GO:0032782,GO:0035729,GO:0042311,GO:0042803,GO:0043025,GO:0043679,GO:0044325,GO:0045907,GO:0048754,GO:0050927,GO:0051924,GO:0060613,GO:0070374,GO:0070509,GO:0071305,GO:0071333,GO:0071404,GO:0071456,GO:0071774,GO:0090280,GO:1901653,GO:1902476"	"hsa04621,hsa04928"
chr3	122227425	122227767	343	*	"Intron (ENST00000639785.2/846, intron 1 of 6)"	846	ENST00000490131.7	-26181	CASR	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001503,GO:0002931,GO:0004435,GO:0004930,GO:0004930,GO:0005178,GO:0005509,GO:0005509,GO:0005513,GO:0005513,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006874,GO:0006874,GO:0006915,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007193,GO:0007200,GO:0007254,GO:0007635,GO:0008284,GO:0009653,GO:0009986,GO:0010628,GO:0016323,GO:0016324,GO:0016597,GO:0019901,GO:0032024,GO:0032781,GO:0032782,GO:0035729,GO:0042311,GO:0042803,GO:0043025,GO:0043679,GO:0044325,GO:0045907,GO:0048754,GO:0050927,GO:0051924,GO:0060613,GO:0070374,GO:0070509,GO:0071305,GO:0071333,GO:0071404,GO:0071456,GO:0071774,GO:0090280,GO:1901653,GO:1902476"	"hsa04621,hsa04928"
chr3	122247794	122248261	468	*	"Intron (ENST00000639785.2/846, intron 1 of 6)"	846	ENST00000490131.7	-5687	CASR	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001503,GO:0002931,GO:0004435,GO:0004930,GO:0004930,GO:0005178,GO:0005509,GO:0005509,GO:0005513,GO:0005513,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006874,GO:0006874,GO:0006915,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007193,GO:0007200,GO:0007254,GO:0007635,GO:0008284,GO:0009653,GO:0009986,GO:0010628,GO:0016323,GO:0016324,GO:0016597,GO:0019901,GO:0032024,GO:0032781,GO:0032782,GO:0035729,GO:0042311,GO:0042803,GO:0043025,GO:0043679,GO:0044325,GO:0045907,GO:0048754,GO:0050927,GO:0051924,GO:0060613,GO:0070374,GO:0070509,GO:0071305,GO:0071333,GO:0071404,GO:0071456,GO:0071774,GO:0090280,GO:1901653,GO:1902476"	"hsa04621,hsa04928"
chr3	122249947	122250171	225	*	"Intron (ENST00000639785.2/846, intron 1 of 6)"	846	ENST00000490131.7	-3777	CASR	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001503,GO:0002931,GO:0004435,GO:0004930,GO:0004930,GO:0005178,GO:0005509,GO:0005509,GO:0005513,GO:0005513,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006874,GO:0006874,GO:0006915,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007193,GO:0007200,GO:0007254,GO:0007635,GO:0008284,GO:0009653,GO:0009986,GO:0010628,GO:0016323,GO:0016324,GO:0016597,GO:0019901,GO:0032024,GO:0032781,GO:0032782,GO:0035729,GO:0042311,GO:0042803,GO:0043025,GO:0043679,GO:0044325,GO:0045907,GO:0048754,GO:0050927,GO:0051924,GO:0060613,GO:0070374,GO:0070509,GO:0071305,GO:0071333,GO:0071404,GO:0071456,GO:0071774,GO:0090280,GO:1901653,GO:1902476"	"hsa04621,hsa04928"
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chr3	122289574	122289808	235	*	3 UTR	846	ENST00000638296.1	35303	CASR	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001503,GO:0002931,GO:0004435,GO:0004930,GO:0004930,GO:0005178,GO:0005509,GO:0005509,GO:0005513,GO:0005513,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0006874,GO:0006874,GO:0006915,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007193,GO:0007200,GO:0007254,GO:0007635,GO:0008284,GO:0009653,GO:0009986,GO:0010628,GO:0016323,GO:0016324,GO:0016597,GO:0019901,GO:0032024,GO:0032781,GO:0032782,GO:0035729,GO:0042311,GO:0042803,GO:0043025,GO:0043679,GO:0044325,GO:0045907,GO:0048754,GO:0050927,GO:0051924,GO:0060613,GO:0070374,GO:0070509,GO:0071305,GO:0071333,GO:0071404,GO:0071456,GO:0071774,GO:0090280,GO:1901653,GO:1902476"	"hsa04621,hsa04928"
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chr7	21713862	21714161	300	*	"Intron (ENST00000409508.8/8701, intron 42 of 81)"	8701	ENST00000465129.1	11152	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
chr7	21728900	21729119	220	*	"Intron (ENST00000409508.8/8701, intron 45 of 81)"	8701	ENST00000605912.1	-6521	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
chr7	21738227	21738535	309	*	Promoter (2-3kb)	8701	ENST00000605912.1	2587	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
chr7	21748537	21748879	343	*	"Exon (ENST00000409508.8/8701, exon 52 of 82)"	8701	ENST00000605912.1	12897	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
chr7	21749396	21749771	376	*	"Exon (ENST00000409508.8/8701, exon 53 of 82)"	8701	ENST00000605912.1	13756	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
chr7	21757673	21758197	525	*	"Intron (ENST00000409508.8/8701, intron 54 of 81)"	8701	ENST00000605912.1	22033	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
chr7	21765284	21765595	312	*	"Exon (ENST00000409508.8/8701, exon 55 of 82)"	8701	ENST00000605912.1	29644	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
chr7	21774701	21774999	299	*	"Intron (ENST00000409508.8/8701, intron 56 of 81)"	8701	ENST00000605912.1	39061	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
chr7	21790954	21791278	325	*	"Intron (ENST00000409508.8/8701, intron 61 of 81)"	8701	ENST00000605912.1	55314	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
chr7	21807277	21807578	302	*	"Intron (ENST00000409508.8/8701, intron 62 of 81)"	8701	ENST00000607413.5	-43584	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
chr7	21824845	21825120	276	*	"Intron (ENST00000409508.8/8701, intron 65 of 81)"	8701	ENST00000607413.5	-26042	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
chr7	21828877	21829103	227	*	"Intron (ENST00000409508.8/8701, intron 65 of 81)"	8701	ENST00000607413.5	-22059	DNAH11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003356,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0007368,GO:0008569,GO:0030286,GO:0030317,GO:0031514,GO:0031514,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0097729,GO:0120134"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
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chr7	28729328	28729593	266	*	"Intron (ENST00000396299.6/9586, intron 6 of 9)"	9586	ENST00000468813.1	5028	CREB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0035497,GO:0045893,GO:0046872,GO:0070062,GO:1990837"	"hsa04022,hsa04024,hsa04151,hsa04152,hsa04211,hsa04261,hsa04668,hsa04714,hsa04725,hsa04728,hsa04911,hsa04915,hsa04918,hsa04922,hsa04925,hsa04926,hsa04927,hsa04928,hsa04931,hsa04934,hsa04935,hsa04962,hsa05016,hsa05020,hsa05030,hsa05031,hsa05034,hsa05161,hsa05163,hsa05165,hsa05166,hsa05203,hsa05215"
chr7	28731783	28732500	718	*	"Intron (ENST00000396299.6/9586, intron 6 of 9)"	9586	ENST00000468813.1	7483	CREB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0003700,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006357,GO:0035497,GO:0045893,GO:0046872,GO:0070062,GO:1990837"	"hsa04022,hsa04024,hsa04151,hsa04152,hsa04211,hsa04261,hsa04668,hsa04714,hsa04725,hsa04728,hsa04911,hsa04915,hsa04918,hsa04922,hsa04925,hsa04926,hsa04927,hsa04928,hsa04931,hsa04934,hsa04935,hsa04962,hsa05016,hsa05020,hsa05030,hsa05031,hsa05034,hsa05161,hsa05163,hsa05165,hsa05166,hsa05203,hsa05215"
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chr7	38654499	38654802	304	*	Distal Intergenic	273	ENST00000325590.9	-23079	AMPH	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005543,GO:0005543,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006897,GO:0007268,GO:0008021,GO:0015629,GO:0030672,GO:0031256,GO:0048488,GO:0061024"	"hsa04144,hsa04666"
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chr7	83264294	83264550	257	*	Distal Intergenic	27445	ENST00000423517.6	-101364	PCLO	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005509,GO:0005522,GO:0005544,GO:0005856,GO:0007010,GO:0014069,GO:0016079,GO:0017157,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030424,GO:0035418,GO:0045202,GO:0048788,GO:0048788,GO:0048790,GO:0070062,GO:0097091,GO:0098882,GO:0098978,GO:0098982,GO:0099526,GO:1904071"	hsa04911
chr7	83264822	83265043	222	*	Distal Intergenic	27445	ENST00000423517.6	-101892	PCLO	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005509,GO:0005522,GO:0005544,GO:0005856,GO:0007010,GO:0014069,GO:0016079,GO:0017157,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030424,GO:0035418,GO:0045202,GO:0048788,GO:0048788,GO:0048790,GO:0070062,GO:0097091,GO:0098882,GO:0098978,GO:0098982,GO:0099526,GO:1904071"	hsa04911
chr7	83271752	83272040	289	*	Distal Intergenic	27445	ENST00000423517.6	-108822	PCLO	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005509,GO:0005522,GO:0005544,GO:0005856,GO:0007010,GO:0014069,GO:0016079,GO:0017157,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030424,GO:0035418,GO:0045202,GO:0048788,GO:0048788,GO:0048790,GO:0070062,GO:0097091,GO:0098882,GO:0098978,GO:0098982,GO:0099526,GO:1904071"	hsa04911
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chr7	83284146	83284370	225	*	Distal Intergenic	27445	ENST00000423517.6	-121216	PCLO	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005509,GO:0005522,GO:0005544,GO:0005856,GO:0007010,GO:0014069,GO:0016079,GO:0017157,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030424,GO:0035418,GO:0045202,GO:0048788,GO:0048788,GO:0048790,GO:0070062,GO:0097091,GO:0098882,GO:0098978,GO:0098982,GO:0099526,GO:1904071"	hsa04911
chr7	83287750	83288031	282	*	Distal Intergenic	27445	ENST00000423517.6	-124820	PCLO	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005509,GO:0005522,GO:0005544,GO:0005856,GO:0007010,GO:0014069,GO:0016079,GO:0017157,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030424,GO:0035418,GO:0045202,GO:0048788,GO:0048788,GO:0048790,GO:0070062,GO:0097091,GO:0098882,GO:0098978,GO:0098982,GO:0099526,GO:1904071"	hsa04911
chr7	83289484	83289726	243	*	Distal Intergenic	27445	ENST00000423517.6	-126554	PCLO	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005509,GO:0005522,GO:0005544,GO:0005856,GO:0007010,GO:0014069,GO:0016079,GO:0017157,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030424,GO:0035418,GO:0045202,GO:0048788,GO:0048788,GO:0048790,GO:0070062,GO:0097091,GO:0098882,GO:0098978,GO:0098982,GO:0099526,GO:1904071"	hsa04911
chr7	83307956	83308634	679	*	Distal Intergenic	27445	ENST00000423517.6	-145026	PCLO	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005509,GO:0005522,GO:0005544,GO:0005856,GO:0007010,GO:0014069,GO:0016079,GO:0017157,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030424,GO:0035418,GO:0045202,GO:0048788,GO:0048788,GO:0048790,GO:0070062,GO:0097091,GO:0098882,GO:0098978,GO:0098982,GO:0099526,GO:1904071"	hsa04911
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chr7	83348600	83348876	277	*	Distal Intergenic	9723	ENST00000644381.1	113284	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83361321	83361582	262	*	"Intron (ENST00000430696.2/ENST00000430696.2, intron 1 of 1)"	9723	ENST00000644381.1	100578	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83367658	83367987	330	*	"Exon (ENST00000643230.2/9723, exon 17 of 17)"	9723	ENST00000644381.1	94173	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83373899	83374138	240	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 16 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	88022	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83392540	83392759	220	*	"Exon (ENST00000643230.2/9723, exon 14 of 17)"	9723	ENST00000644381.1	69401	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83393315	83393545	231	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 13 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	68615	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83406981	83407226	246	*	"Exon (ENST00000643230.2/9723, exon 7 of 17)"	9723	ENST00000644381.1	54934	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83408365	83408635	271	*	"Exon (ENST00000643230.2/9723, exon 6 of 17)"	9723	ENST00000644381.1	53525	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83412468	83412731	264	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 5 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	49429	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83424756	83425100	345	*	"Exon (ENST00000420181.1/ENST00000420181.1, exon 1 of 1)"	9723	ENST00000644381.1	37060	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83429502	83429721	220	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 4 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	32439	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83430146	83430464	319	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 4 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	31696	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83430561	83430780	220	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 4 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	31380	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83444615	83445040	426	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 4 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	17120	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83447312	83447531	220	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 4 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	14629	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83452369	83452629	261	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 4 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	9531	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83455706	83455970	265	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 4 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	6190	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83459745	83460154	410	*	Promoter (2-3kb)	9723	ENST00000644381.1	2006	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83461894	83462239	346	*	Promoter (<=1kb)	9723	ENST00000644381.1	0	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83467142	83467361	220	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 3 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	-4982	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83472772	83473009	238	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 2 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	-10612	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83475437	83475787	351	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 2 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	-13277	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83480155	83480409	255	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 2 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	-17995	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83482078	83482520	443	*	"Intron (ENST00000643230.2/9723, intron 2 of 16)"	9723	ENST00000644381.1	-19918	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	83717049	83717453	405	*	Distal Intergenic	9723	ENST00000643230.2	-67910	SEMA3E	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001569,GO:0001755,GO:0001953,GO:0002040,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0008360,GO:0016525,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050808,GO:0050919,GO:0071526,GO:0071526,GO:2000249"	hsa04360
chr7	85186240	85186781	542	*	Promoter (<=1kb)	223117	ENST00000444867.1	74	SEMA3D	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001755,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050919,GO:0071526"	hsa04360
chr7	85250137	85250356	220	*	Distal Intergenic	223117	ENST00000284136.11	-63081	SEMA3D	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001755,GO:0005615,GO:0005887,GO:0007411,GO:0030215,GO:0030335,GO:0045499,GO:0048843,GO:0050919,GO:0071526"	hsa04360
chr7	86643817	86644197	381	*	Promoter (<=1kb)	2913	ENST00000361669.7	0	GRM3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001640,GO:0001641,GO:0004930,GO:0005246,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007194,GO:0007196,GO:0007216,GO:0007268,GO:0008066,GO:0010467,GO:0014069,GO:0030424,GO:0043197,GO:0051966,GO:0097110,GO:0097449,GO:0098978,GO:0099055,GO:0099056"	"hsa04072,hsa04080,hsa04724,hsa05030"
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chr7	154414645	154415040	396	*	"Intron (ENST00000404039.5/1804, intron 1 of 25)"	1804	ENST00000427557.1	109203	DPP6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005886,GO:0006508,GO:0008076,GO:0008076,GO:0008236,GO:0008239,GO:0008239,GO:0015459,GO:0015459,GO:0016021,GO:0072659,GO:1901379,GO:1901379,GO:1901379"	NA
chr7	154434409	154434641	233	*	"Intron (ENST00000404039.5/1804, intron 1 of 25)"	1804	ENST00000427557.1	128967	DPP6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005886,GO:0006508,GO:0008076,GO:0008076,GO:0008236,GO:0008239,GO:0008239,GO:0015459,GO:0015459,GO:0016021,GO:0072659,GO:1901379,GO:1901379,GO:1901379"	NA
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chr8	91390464	91390995	532	*	"Intron (ENST00000522181.5/115111, intron 16 of 18)"	115111	ENST00000517930.1	33216	SLC26A7	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001696,GO:0005254,GO:0005737,GO:0005768,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006811,GO:0006820,GO:0006821,GO:0008271,GO:0008272,GO:0015106,GO:0015106,GO:0015108,GO:0015116,GO:0015116,GO:0015301,GO:0015701,GO:0016323,GO:0016323,GO:0019531,GO:0019531,GO:0019532,GO:0055038,GO:1902358,GO:1902476"	hsa04971
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chr8	119019463	119019692	230	*	"Intron (ENST00000521788.1/10584, intron 2 of 6)"	10584	ENST00000521788.1	24011	COLEC10	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001867,GO:0005537,GO:0005576,GO:0005581,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005737,GO:0005794,GO:0006956,GO:0042056,GO:0050918,GO:1904888"	NA
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chr1	16727334	16727814	481	*	Distal Intergenic	284729	ENST00000270691.9	-7177	ESPNP	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr1	16852474	16852693	220	*	"Intron (ENST00000466256.6/9696, intron 1 of 8)"	100500876	ENST00000583661.1	6328	MIR3675	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr1	16862555	16862774	220	*	"Intron (ENST00000466256.6/9696, intron 1 of 8)"	100500876	ENST00000583661.1	-3534	MIR3675	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr1	66084564	66085214	651	*	"Intron (ENST00000329654.8/5142, intron 3 of 16)"	101927139	ENST00000424138.1	-33846	PDE4B-AS1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr1	66116449	66117003	555	*	"Intron (ENST00000329654.8/5142, intron 3 of 16)"	5142	ENST00000412480.6	-35387	PDE4B	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000930,GO:0001780,GO:0004114,GO:0004115,GO:0004115,GO:0004115,GO:0004115,GO:0005634,GO:0005813,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005891,GO:0006198,GO:0007165,GO:0007186,GO:0008021,GO:0014069,GO:0030018,GO:0030552,GO:0030593,GO:0032729,GO:0032743,GO:0035690,GO:0043015,GO:0043197,GO:0044325,GO:0044325,GO:0046872,GO:0048471,GO:0050852,GO:0050900,GO:0060076,GO:0071222,GO:0071872,GO:0086004,GO:0140199,GO:1901841,GO:1901898"	"hsa00230,hsa01100,hsa04024,hsa04928,hsa05032"
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chr1	66234273	66234594	322	*	"Intron (ENST00000329654.8/5142, intron 3 of 16)"	5142	ENST00000371048.7	-22771	PDE4B	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000930,GO:0001780,GO:0004114,GO:0004115,GO:0004115,GO:0004115,GO:0004115,GO:0005634,GO:0005813,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005891,GO:0006198,GO:0007165,GO:0007186,GO:0008021,GO:0014069,GO:0030018,GO:0030552,GO:0030593,GO:0032729,GO:0032743,GO:0035690,GO:0043015,GO:0043197,GO:0044325,GO:0044325,GO:0046872,GO:0048471,GO:0050852,GO:0050900,GO:0060076,GO:0071222,GO:0071872,GO:0086004,GO:0140199,GO:1901841,GO:1901898"	"hsa00230,hsa01100,hsa04024,hsa04928,hsa05032"
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chr1	215723207	215723500	294	*	"Intron (ENST00000307340.8/7399, intron 61 of 71)"	51133	ENST00000465650.1	104502	KCTD3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005886,GO:0051260"	NA
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chr1	215763313	215763579	267	*	"Intron (ENST00000307340.8/7399, intron 56 of 71)"	51133	ENST00000465650.1	144608	KCTD3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005886,GO:0051260"	NA
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chr11	20645235	20645499	265	*	"Intron (ENST00000298923.11/9152, intron 12 of 14)"	9152	ENST00000528440.1	16051	SLC6A5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001504,GO:0005768,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007268,GO:0015375,GO:0015375,GO:0016021,GO:0031045,GO:0035725,GO:0046872,GO:0060012,GO:0060012,GO:0098690,GO:0099056,GO:1903804,GO:1903804"	hsa04721
chr11	20653008	20653227	220	*	"Intron (ENST00000298923.11/9152, intron 14 of 14)"	4745	ENST00000325319.9	-16324	NELL1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005080,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005635,GO:0005737,GO:0005737,GO:0007399,GO:0008201,GO:0010468,GO:0030154,GO:0030501,GO:0033689,GO:0045669,GO:0048471,GO:1903363"	NA
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chr11	68602457	68602963	507	*	Promoter (<=1kb)	55291	ENST00000526593.1	571	PPP6R3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000139,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0019888,GO:0019903,GO:0043666,GO:0043666,GO:0048208"	NA
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chr11	68605082	68605329	248	*	"Intron (ENST00000534534.5/55291, intron 17 of 18)"	55291	ENST00000526593.1	3196	PPP6R3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000139,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0019888,GO:0019903,GO:0043666,GO:0043666,GO:0048208"	NA
chr11	68616607	68616881	275	*	"Exon (ENST00000564469.1/ENST00000564469.1, exon 1 of 3)"	55291	ENST00000530734.1	6656	PPP6R3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000139,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0019888,GO:0019903,GO:0043666,GO:0043666,GO:0048208"	NA
chr11	68624345	68624620	276	*	Distal Intergenic	55291	ENST00000530734.1	14394	PPP6R3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000139,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0019888,GO:0019903,GO:0043666,GO:0043666,GO:0048208"	NA
chr11	68640341	68640635	295	*	Distal Intergenic	55291	ENST00000530734.1	30390	PPP6R3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000139,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0019888,GO:0019903,GO:0043666,GO:0043666,GO:0048208"	NA
chr11	68641869	68642191	323	*	Distal Intergenic	55291	ENST00000530734.1	31918	PPP6R3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000139,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0019888,GO:0019903,GO:0043666,GO:0043666,GO:0048208"	NA
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chr11	68647574	68648002	429	*	Distal Intergenic	51083	ENST00000265643.4	-36542	GAL	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004966,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005794,GO:0006954,GO:0007186,GO:0007218,GO:0007631,GO:0010737,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030141,GO:0031763,GO:0031764,GO:0031765,GO:0031766,GO:0031943,GO:0032868,GO:0035902,GO:0042493,GO:0043025,GO:0043065,GO:0043627,GO:0045944,GO:0050672,GO:0051464,GO:0051795,GO:1902608"	hsa04080
chr11	68655489	68655757	269	*	Distal Intergenic	51083	ENST00000265643.4	-28787	GAL	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004966,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005794,GO:0006954,GO:0007186,GO:0007218,GO:0007631,GO:0010737,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030141,GO:0031763,GO:0031764,GO:0031765,GO:0031766,GO:0031943,GO:0032868,GO:0035902,GO:0042493,GO:0043025,GO:0043065,GO:0043627,GO:0045944,GO:0050672,GO:0051464,GO:0051795,GO:1902608"	hsa04080
chr11	68673729	68674098	370	*	Distal Intergenic	51083	ENST00000265643.4	-10446	GAL	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004966,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005794,GO:0006954,GO:0007186,GO:0007218,GO:0007631,GO:0010737,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030141,GO:0031763,GO:0031764,GO:0031765,GO:0031766,GO:0031943,GO:0032868,GO:0035902,GO:0042493,GO:0043025,GO:0043065,GO:0043627,GO:0045944,GO:0050672,GO:0051464,GO:0051795,GO:1902608"	hsa04080
chr11	68683915	68684367	453	*	Promoter (<=1kb)	51083	ENST00000265643.4	-177	GAL	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004966,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005794,GO:0006954,GO:0007186,GO:0007218,GO:0007631,GO:0010737,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030141,GO:0031763,GO:0031764,GO:0031765,GO:0031766,GO:0031943,GO:0032868,GO:0035902,GO:0042493,GO:0043025,GO:0043065,GO:0043627,GO:0045944,GO:0050672,GO:0051464,GO:0051795,GO:1902608"	hsa04080
chr11	68684744	68685367	624	*	Promoter (<=1kb)	51083	ENST00000265643.4	200	GAL	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004966,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005184,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005794,GO:0006954,GO:0007186,GO:0007218,GO:0007631,GO:0010737,GO:0019933,GO:0030073,GO:0030141,GO:0031763,GO:0031764,GO:0031765,GO:0031766,GO:0031943,GO:0032868,GO:0035902,GO:0042493,GO:0043025,GO:0043065,GO:0043627,GO:0045944,GO:0050672,GO:0051464,GO:0051795,GO:1902608"	hsa04080
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chr11	69031239	69031461	223	*	Distal Intergenic	219931	ENST00000294309.8	-17471	TPCN2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005515,GO:0005764,GO:0005765,GO:0005765,GO:0006874,GO:0006939,GO:0007040,GO:0010008,GO:0010506,GO:0016021,GO:0019065,GO:0019722,GO:0019901,GO:0034220,GO:0034765,GO:0042802,GO:0051209,GO:0072345"	"hsa04020,hsa04972"
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chr11	101616664	101617070	407	*	"Intron (ENST00000526713.1/7225, intron 1 of 1)"	7225	ENST00000344327.8	-32657	TRPC6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003779,GO:0005261,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006812,GO:0006828,GO:0007204,GO:0007338,GO:0007568,GO:0010800,GO:0015279,GO:0016020,GO:0030168,GO:0030182,GO:0030276,GO:0032414,GO:0034703,GO:0036057,GO:0042803,GO:0042805,GO:0045666,GO:0050774,GO:0051117,GO:0051480,GO:0051928,GO:0070301,GO:0070588,GO:0070588,GO:0070679,GO:0070679,GO:0071456"	"hsa04022,hsa04360"
chr11	101673315	101673732	418	*	"Intron (ENST00000526713.1/7225, intron 1 of 1)"	7225	ENST00000344327.8	-89308	TRPC6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003779,GO:0005261,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006812,GO:0006828,GO:0007204,GO:0007338,GO:0007568,GO:0010800,GO:0015279,GO:0016020,GO:0030168,GO:0030182,GO:0030276,GO:0032414,GO:0034703,GO:0036057,GO:0042803,GO:0042805,GO:0045666,GO:0050774,GO:0051117,GO:0051480,GO:0051928,GO:0070301,GO:0070588,GO:0070588,GO:0070679,GO:0070679,GO:0071456"	"hsa04022,hsa04360"
chr11	101805452	101805678	227	*	"Intron (ENST00000526713.1/7225, intron 1 of 1)"	7225	ENST00000526713.1	66884	TRPC6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003779,GO:0005261,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006812,GO:0006828,GO:0007204,GO:0007338,GO:0007568,GO:0010800,GO:0015279,GO:0016020,GO:0030168,GO:0030182,GO:0030276,GO:0032414,GO:0034703,GO:0036057,GO:0042803,GO:0042805,GO:0045666,GO:0050774,GO:0051117,GO:0051480,GO:0051928,GO:0070301,GO:0070588,GO:0070588,GO:0070679,GO:0070679,GO:0071456"	"hsa04022,hsa04360"
chr11	102247766	102248005	240	*	Distal Intergenic	10413	ENST00000528834.1	20793	YAP1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000122,GO:0000902,GO:0000976,GO:0000978,GO:0001570,GO:0001674,GO:0001829,GO:0001894,GO:0003015,GO:0003143,GO:0003682,GO:0003713,GO:0003713,GO:0003713,GO:0003714,GO:0003714,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006367,GO:0006974,GO:0008022,GO:0008283,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010837,GO:0016020,GO:0030216,GO:0030857,GO:0030903,GO:0032570,GO:0033148,GO:0035019,GO:0035329,GO:0035329,GO:0042060,GO:0045599,GO:0045669,GO:0045747,GO:0045893,GO:0045893,GO:0045944,GO:0045944,GO:0048339,GO:0048368,GO:0050679,GO:0050767,GO:0050847,GO:0060045,GO:0060242,GO:0060449,GO:0060487,GO:0060576,GO:0061026,GO:0065003,GO:0065003,GO:0070064,GO:0070102,GO:0071300,GO:0071480,GO:0072091,GO:0072307,GO:0090263,GO:0140297,GO:0140552,GO:1900182,GO:1902018,GO:1902036,GO:1902459,GO:1904036,GO:2000737,GO:2001237"	"hsa04390,hsa04392"
chr11	102537159	102537380	222	*	Distal Intergenic	4316	ENST00000533366.5	-6409	MMP7	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004175,GO:0004222,GO:0004222,GO:0004252,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0006508,GO:0006509,GO:0007568,GO:0008201,GO:0008237,GO:0008270,GO:0009986,GO:0022617,GO:0030198,GO:0030335,GO:0030574,GO:0030574,GO:0031012,GO:0031293,GO:0031667,GO:0044849,GO:0060135,GO:0070062,GO:0071260"	"hsa04310,hsa05166"
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chr11	102730879	102731372	494	*	Distal Intergenic	4317	ENST00000528662.6	-3829	MMP8	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004175,GO:0004222,GO:0004252,GO:0005576,GO:0005615,GO:0006508,GO:0008233,GO:0008270,GO:0010628,GO:0010629,GO:0022617,GO:0030198,GO:0030574,GO:0030574,GO:0032693,GO:0032755,GO:0032760,GO:0035580,GO:0035987,GO:0043312,GO:0043388,GO:0043410,GO:0045429,GO:0046330,GO:0062023,GO:0150077,GO:0150078,GO:1901224,GO:1903428,GO:1903978,GO:1903980,GO:1904724"	NA
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chr11	102788766	102789170	405	*	"Intron (ENST00000371455.7/100288077, intron 2 of 4)"	4312	ENST00000681643.1	3667	MMP1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004175,GO:0004222,GO:0004222,GO:0004222,GO:0004252,GO:0005576,GO:0006508,GO:0008233,GO:0008270,GO:0016032,GO:0019221,GO:0022617,GO:0030198,GO:0030574,GO:0030574,GO:0031012,GO:0031334,GO:0044267,GO:0050900,GO:0071492"	"hsa03320,hsa04657,hsa04926,hsa05171,hsa05200,hsa05219,hsa05323,hsa05417"
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chr11	102806831	102807185	355	*	"Exon (ENST00000546014.1/ENST00000546014.1, exon 1 of 1)"	4312	ENST00000315274.7	-8671	MMP1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004175,GO:0004222,GO:0004222,GO:0004222,GO:0004252,GO:0005576,GO:0006508,GO:0008233,GO:0008270,GO:0016032,GO:0019221,GO:0022617,GO:0030198,GO:0030574,GO:0030574,GO:0031012,GO:0031334,GO:0044267,GO:0050900,GO:0071492"	"hsa03320,hsa04657,hsa04926,hsa05171,hsa05200,hsa05219,hsa05323,hsa05417"
chr11	102807651	102808446	796	*	"Exon (ENST00000546014.1/ENST00000546014.1, exon 1 of 1)"	4312	ENST00000315274.7	-9491	MMP1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004175,GO:0004222,GO:0004222,GO:0004222,GO:0004252,GO:0005576,GO:0006508,GO:0008233,GO:0008270,GO:0016032,GO:0019221,GO:0022617,GO:0030198,GO:0030574,GO:0030574,GO:0031012,GO:0031334,GO:0044267,GO:0050900,GO:0071492"	"hsa03320,hsa04657,hsa04926,hsa05171,hsa05200,hsa05219,hsa05323,hsa05417"
chr11	102813194	102813427	234	*	"Intron (ENST00000371455.7/100288077, intron 3 of 4)"	4312	ENST00000315274.7	-15034	MMP1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004175,GO:0004222,GO:0004222,GO:0004222,GO:0004252,GO:0005576,GO:0006508,GO:0008233,GO:0008270,GO:0016032,GO:0019221,GO:0022617,GO:0030198,GO:0030574,GO:0030574,GO:0031012,GO:0031334,GO:0044267,GO:0050900,GO:0071492"	"hsa03320,hsa04657,hsa04926,hsa05171,hsa05200,hsa05219,hsa05323,hsa05417"
chr11	102830626	102831114	489	*	"Exon (ENST00000371455.7/100288077, exon 4 of 5)"	4314	ENST00000434103.1	7596	MMP3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004175,GO:0004222,GO:0004252,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0006508,GO:0008233,GO:0008237,GO:0008270,GO:0010727,GO:0019221,GO:0022617,GO:0030198,GO:0030574,GO:0030574,GO:0031012,GO:0031334,GO:0071492,GO:0071732,GO:0150077,GO:1903209,GO:1904645"	"hsa04657,hsa04668,hsa05171,hsa05202,hsa05215,hsa05323,hsa05417"
chr11	102831572	102832109	538	*	"Exon (ENST00000525739.6/100288077, exon 6 of 8)"	4314	ENST00000434103.1	6601	MMP3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004175,GO:0004222,GO:0004252,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0006508,GO:0008233,GO:0008237,GO:0008270,GO:0010727,GO:0019221,GO:0022617,GO:0030198,GO:0030574,GO:0030574,GO:0031012,GO:0031334,GO:0071492,GO:0071732,GO:0150077,GO:1903209,GO:1904645"	"hsa04657,hsa04668,hsa05171,hsa05202,hsa05215,hsa05323,hsa05417"
chr11	102850866	102851138	273	*	Distal Intergenic	4314	ENST00000299855.10	-7257	MMP3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004175,GO:0004222,GO:0004252,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0006508,GO:0008233,GO:0008237,GO:0008270,GO:0010727,GO:0019221,GO:0022617,GO:0030198,GO:0030574,GO:0030574,GO:0031012,GO:0031334,GO:0071492,GO:0071732,GO:0150077,GO:1903209,GO:1904645"	"hsa04657,hsa04668,hsa05171,hsa05202,hsa05215,hsa05323,hsa05417"
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chr11	102950116	102950408	293	*	"Exon (ENST00000260302.8/4322, exon 6 of 10)"	4322	ENST00000340273.4	5297	MMP13	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004175,GO:0004222,GO:0004222,GO:0004222,GO:0005509,GO:0005518,GO:0005576,GO:0005615,GO:0006508,GO:0008270,GO:0022617,GO:0022617,GO:0030198,GO:0030574,GO:0030574,GO:0030574,GO:0031012,GO:0060349,GO:1904645"	"hsa04657,hsa04926,hsa04928"
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chr12	55157004	55157442	439	*	Distal Intergenic	441639	ENST00000641982.1	30598	OR9K2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55166804	55167333	530	*	Distal Intergenic	441639	ENST00000641982.1	40398	OR9K2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005549,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55182600	55182858	259	*	Distal Intergenic	121364	ENST00000326258.1	-38167	OR10A7	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55184378	55184724	347	*	Distal Intergenic	121364	ENST00000326258.1	-36301	OR10A7	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55194196	55194585	390	*	"Exon (ENST00000414690.2/ENST00000414690.2, exon 1 of 1)"	121364	ENST00000326258.1	-26440	OR10A7	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55210449	55210738	290	*	Distal Intergenic	121364	ENST00000326258.1	-10287	OR10A7	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55221595	55221874	280	*	Promoter (<=1kb)	121364	ENST00000326258.1	570	OR10A7	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
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chr12	55242198	55242822	625	*	Promoter (1-2kb)	254783	ENST00000343399.5	-1787	OR6C74	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
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chr12	55294706	55294967	262	*	Promoter (1-2kb)	283365	ENST00000358433.3	1602	OR6C6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005811,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
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chr12	55340464	55340733	270	*	Distal Intergenic	254786	ENST00000641740.2	9718	OR6C3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0007608,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55354918	55355147	230	*	Distal Intergenic	390323	ENST00000641576.1	-7828	OR6C75	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55355450	55356070	621	*	Distal Intergenic	390323	ENST00000641576.1	-6905	OR6C75	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55391609	55392866	1258	*	"Exon (ENST00000641469.1/ENST00000641469.1, exon 2 of 2)"	403282	ENST00000379665.3	-7663	OR6C65	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55399848	55400090	243	*	Promoter (<=1kb)	403282	ENST00000379665.3	-439	OR6C65	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55414439	55414833	395	*	"Exon (ENST00000554937.1/ENST00000554937.1, exon 1 of 1)"	390326	ENST00000328314.3	-11421	OR6C76	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55459533	55459923	391	*	"Intron (ENST00000555146.5/ENST00000555146.5, intron 2 of 2)"	390327	ENST00000327335.4	10215	OR6C70	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55510264	55510483	220	*	"Intron (ENST00000556750.5/ENST00000556750.5, intron 1 of 3)"	403284	ENST00000548615.1	17886	OR6C68	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55545700	55546025	326	*	"Intron (ENST00000556750.5/ENST00000556750.5, intron 1 of 3)"	341418	ENST00000641569.1	-3577	OR6C4	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55598180	55598418	239	*	Distal Intergenic	121129	ENST00000641114.1	25712	OR2AP1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55611963	55612339	377	*	"Exon (ENST00000641684.1/ENST00000641684.1, exon 2 of 2)"	121130	ENST00000309675.3	-24553	OR10P1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55623114	55623344	231	*	Distal Intergenic	121130	ENST00000309675.3	-13548	OR10P1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004930,GO:0004984,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007186,GO:0016021,GO:0050911"	hsa04740
chr12	55675589	55676176	588	*	Distal Intergenic	196410	ENST00000394252.4	-5560	METTL7B	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0008168,GO:0032259"	NA
chr12	55706885	55707165	281	*	Promoter (<=1kb)	3679	ENST00000691973.1	517	ITGA7	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005886,GO:0007160,GO:0007229,GO:0007517,GO:0008305,GO:0008360,GO:0009986,GO:0030198,GO:0034113,GO:0035987,GO:0046872"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04810,hsa05165,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr12	55707243	55707502	260	*	Promoter (<=1kb)	3679	ENST00000691973.1	180	ITGA7	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005886,GO:0007160,GO:0007229,GO:0007517,GO:0008305,GO:0008360,GO:0009986,GO:0030198,GO:0034113,GO:0035987,GO:0046872"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04810,hsa05165,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr12	55744190	55744528	339	*	Promoter (<=1kb)	10220	ENST00000546799.1	791	GDF11	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001501,GO:0001656,GO:0001657,GO:0005125,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005654,GO:0007399,GO:0007498,GO:0008083,GO:0008285,GO:0010862,GO:0021512,GO:0031016,GO:0032991,GO:0043231,GO:0045665,GO:0048469,GO:0048593,GO:0060021,GO:0060395,GO:0060395"	hsa04060
chr12	56511791	56512011	221	*	"Exon (ENST00000547203.1/ENST00000547203.1, exon 1 of 1)"	5939	ENST00000262031.10	-9809	RBMS2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003723,GO:0003723,GO:0003730,GO:0005634,GO:0005829,GO:0006396,GO:0008143,GO:0008266,GO:1990904"	NA
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chr12	57013988	57014542	555	*	Promoter (1-2kb)	6866	ENST00000300108.7	1978	TAC3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0005615,GO:0007186,GO:0007217,GO:0007218,GO:0007565,GO:0045777"	hsa04080
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chr12	57237911	57238236	326	*	Promoter (<=1kb)	56901	ENST00000554503.6	-807	NDUFA4L2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004129,GO:0005751,GO:0022900,GO:1902600"	"hsa00190,hsa01100,hsa04714,hsa04723,hsa04932,hsa05010,hsa05012,hsa05014,hsa05016,hsa05020,hsa05022,hsa05415"
chr12	57476265	57476488	224	*	Promoter (<=1kb)	64333	ENST00000552953.5	153	ARHGAP9	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005096,GO:0005515,GO:0005547,GO:0005576,GO:0005737,GO:0005829,GO:0007165,GO:0034774,GO:0043087,GO:0043312,GO:0043547,GO:0051056"	NA
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chr12	65090059	65090316	258	*	"Intron (ENST00000286574.9/11197, intron 2 of 9)"	11197	ENST00000543094.1	-23400	WIF1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007275,GO:0009986,GO:0016055,GO:0017147,GO:0030178,GO:0045600,GO:0048856"	hsa04310
chr12	65092683	65093047	365	*	"Intron (ENST00000286574.9/11197, intron 2 of 9)"	11197	ENST00000543094.1	-26024	WIF1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007275,GO:0009986,GO:0016055,GO:0017147,GO:0030178,GO:0045600,GO:0048856"	hsa04310
chr12	65098415	65098669	255	*	"Intron (ENST00000286574.9/11197, intron 2 of 9)"	11197	ENST00000546001.1	22017	WIF1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007275,GO:0009986,GO:0016055,GO:0017147,GO:0030178,GO:0045600,GO:0048856"	hsa04310
chr12	65099333	65099571	239	*	"Intron (ENST00000286574.9/11197, intron 2 of 9)"	11197	ENST00000546001.1	21115	WIF1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007275,GO:0009986,GO:0016055,GO:0017147,GO:0030178,GO:0045600,GO:0048856"	hsa04310
chr12	65112683	65113129	447	*	"Intron (ENST00000286574.9/11197, intron 2 of 9)"	11197	ENST00000546001.1	7557	WIF1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007275,GO:0009986,GO:0016055,GO:0017147,GO:0030178,GO:0045600,GO:0048856"	hsa04310
chr12	65116219	65116480	262	*	"Intron (ENST00000286574.9/11197, intron 2 of 9)"	11197	ENST00000546001.1	4206	WIF1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007275,GO:0009986,GO:0016055,GO:0017147,GO:0030178,GO:0045600,GO:0048856"	hsa04310
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chr12	65124824	65125154	331	*	Distal Intergenic	11197	ENST00000286574.9	-3519	WIF1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007275,GO:0009986,GO:0016055,GO:0017147,GO:0030178,GO:0045600,GO:0048856"	hsa04310
chr12	65125946	65126284	339	*	Distal Intergenic	11197	ENST00000286574.9	-4641	WIF1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007275,GO:0009986,GO:0016055,GO:0017147,GO:0030178,GO:0045600,GO:0048856"	hsa04310
chr12	65131202	65131513	312	*	Distal Intergenic	11197	ENST00000286574.9	-9897	WIF1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007275,GO:0009986,GO:0016055,GO:0017147,GO:0030178,GO:0045600,GO:0048856"	hsa04310
chr12	65137035	65137256	222	*	Distal Intergenic	11197	ENST00000286574.9	-15730	WIF1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007275,GO:0009986,GO:0016055,GO:0017147,GO:0030178,GO:0045600,GO:0048856"	hsa04310
chr12	65143442	65143793	352	*	Distal Intergenic	11197	ENST00000286574.9	-22137	WIF1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005102,GO:0005515,GO:0005576,GO:0007165,GO:0007275,GO:0009986,GO:0016055,GO:0017147,GO:0030178,GO:0045600,GO:0048856"	hsa04310
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chr12	91173278	91173687	410	*	"Intron (ENST00000052754.10/1634, intron 2 of 7)"	1634	ENST00000425043.5	4865	DCN	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001822,GO:0001890,GO:0003723,GO:0005515,GO:0005518,GO:0005539,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005589,GO:0005615,GO:0005615,GO:0005796,GO:0007519,GO:0007568,GO:0009612,GO:0009887,GO:0010508,GO:0010596,GO:0014068,GO:0016239,GO:0016239,GO:0016525,GO:0019800,GO:0030021,GO:0030021,GO:0030198,GO:0030206,GO:0030207,GO:0030208,GO:0032496,GO:0042060,GO:0043202,GO:0045944,GO:0047485,GO:0050840,GO:0051901,GO:0062023,GO:0062023,GO:0062023,GO:0090141,GO:1900747"	"hsa04350,hsa05205"
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chr17	11687649	11687871	223	*	"Intron (ENST00000262442.9/1770, intron 19 of 68)"	1770	ENST00000583192.1	-16329	DNAH9	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003341,GO:0003341,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005874,GO:0005930,GO:0005930,GO:0007018,GO:0008569,GO:0030030,GO:0030286,GO:0031514,GO:0031514,GO:0036157,GO:0045505,GO:0051959,GO:0097729,GO:0120135"	"hsa05014,hsa05016,hsa05022"
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chr17	12042887	12043112	226	*	"Intron (ENST00000582183.5/6416, intron 1 of 4)"	6416	ENST00000582897.5	16000	MAP2K4	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000187,GO:0004672,GO:0004674,GO:0004708,GO:0004713,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005829,GO:0006915,GO:0007165,GO:0007254,GO:0007257,GO:0008545,GO:0009611,GO:0018108,GO:0030424,GO:0031435,GO:0032839,GO:0034393,GO:0038095,GO:0043204,GO:0043525,GO:0045740,GO:0051770,GO:0061049,GO:0071260,GO:0072709,GO:2000672"	"hsa04010,hsa04012,hsa04620,hsa04664,hsa04668,hsa04912,hsa04926,hsa04935,hsa05120,hsa05132,hsa05135,hsa05142,hsa05161,hsa05166,hsa05167,hsa05169,hsa05417,hsa05418"
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chr18	63831110	63831341	232	*	Distal Intergenic	5055	ENST00000404622.5	-40351	SERPINB2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004867,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005737,GO:0005886,GO:0010951,GO:0035722,GO:0042060,GO:0042730,GO:0043066"	hsa04610
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chr2	161513600	161513852	253	*	"Intron (ENST00000482861.5/57282, intron 2 of 3)"	285116	ENST00000420969.1	-5895	AHCTF1P1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr2	161536284	161536576	293	*	"Intron (ENST00000482861.5/57282, intron 2 of 3)"	285116	ENST00000420969.1	-28579	AHCTF1P1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr2	161546665	161547005	341	*	"Intron (ENST00000482861.5/57282, intron 2 of 3)"	285116	ENST00000420969.1	-38960	AHCTF1P1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr2	161553579	161553935	357	*	"Intron (ENST00000482861.5/57282, intron 2 of 3)"	285116	ENST00000420969.1	-45874	AHCTF1P1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr3	30894010	30894266	257	*	Promoter (<=1kb)	339896	ENST00000282538.10	395	GADL1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000098,GO:0004068,GO:0004782,GO:0005829,GO:0008652,GO:0030170"	"hsa00410,hsa00430,hsa00770,hsa01100"
chr3	30894589	30895185	597	*	Promoter (<=1kb)	339896	ENST00000282538.10	0	GADL1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000098,GO:0004068,GO:0004782,GO:0005829,GO:0008652,GO:0030170"	"hsa00410,hsa00430,hsa00770,hsa01100"
chr3	30982823	30983068	246	*	Distal Intergenic	339896	ENST00000454381.3	-88162	GADL1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000098,GO:0004068,GO:0004782,GO:0005829,GO:0008652,GO:0030170"	"hsa00410,hsa00430,hsa00770,hsa01100"
chr3	31453498	31453717	220	*	"Exon (ENST00000411753.1/ENST00000411753.1, exon 1 of 2)"	201595	ENST00000453168.5	-78921	STT3B	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004579,GO:0004579,GO:0004579,GO:0005515,GO:0005783,GO:0006487,GO:0006516,GO:0006986,GO:0008250,GO:0008250,GO:0016020,GO:0016021,GO:0018279,GO:0018279,GO:0018279,GO:0030433,GO:0032991,GO:0034998,GO:0043686,GO:0043687,GO:0043687,GO:0046872"	"hsa00510,hsa00513,hsa01100,hsa04141"
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chr3	32191412	32191645	234	*	"Exon (ENST00000443010.1/ENST00000443010.1, exon 1 of 1)"	23171	ENST00000496151.1	32655	GPD1L	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002027,GO:0004367,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005975,GO:0006116,GO:0006654,GO:0009331,GO:0010765,GO:0017080,GO:0019674,GO:0033137,GO:0042803,GO:0044325,GO:0046168,GO:0051287,GO:0060373,GO:0070062,GO:0086005,GO:0090038,GO:2000010,GO:2000649"	hsa00564
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chr3	32312345	32312581	237	*	"Intron (ENST00000458535.6/152189, intron 1 of 2)"	152189	ENST00000307526.4	73665	CMTM8	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005125,GO:0005515,GO:0005615,GO:0005654,GO:0005737,GO:0006935,GO:0007165,GO:0016021,GO:0019911,GO:0042552"	NA
chr3	32392444	32392663	220	*	Promoter (<=1kb)	112616	ENST00000465248.1	405	CMTM7	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002337,GO:0005125,GO:0005515,GO:0005615,GO:0006935,GO:0007165,GO:0016020,GO:0016021"	NA
chr3	32593131	32593398	268	*	"Exon (ENST00000451877.1/ENST00000451877.1, exon 1 of 1)"	51143	ENST00000474077.1	-22273	DYNC1LI1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000226,GO:0000776,GO:0000777,GO:0000922,GO:0003723,GO:0003774,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005525,GO:0005813,GO:0005829,GO:0005868,GO:0005868,GO:0005874,GO:0005886,GO:0006888,GO:0007018,GO:0007049,GO:0016020,GO:0016032,GO:0019003,GO:0019886,GO:0030667,GO:0043312,GO:0045504,GO:0045504,GO:0051301,GO:0090267,GO:0101003"	"hsa04145,hsa04962,hsa05132"
chr3	32620779	32621160	382	*	"Exon (ENST00000447449.1/ENST00000447449.1, exon 1 of 1)"	51143	ENST00000474077.1	-49921	DYNC1LI1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000226,GO:0000776,GO:0000777,GO:0000922,GO:0003723,GO:0003774,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005525,GO:0005813,GO:0005829,GO:0005868,GO:0005868,GO:0005874,GO:0005886,GO:0006888,GO:0007018,GO:0007049,GO:0016020,GO:0016032,GO:0019003,GO:0019886,GO:0030667,GO:0043312,GO:0045504,GO:0045504,GO:0051301,GO:0090267,GO:0101003"	"hsa04145,hsa04962,hsa05132"
chr3	32818742	32818997	256	*	Promoter (<=1kb)	131405	ENST00000383763.6	745	TRIM71	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000082,GO:0000209,GO:0000932,GO:0000932,GO:0001843,GO:0004842,GO:0005515,GO:0008270,GO:0008543,GO:0010586,GO:0010608,GO:0017148,GO:0017148,GO:0021915,GO:0030371,GO:0030371,GO:0035196,GO:0035198,GO:0035198,GO:0035278,GO:0043161,GO:0051865,GO:0060964,GO:0061158,GO:0061630,GO:0072089,GO:2000177,GO:2000637"	hsa05206
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chr3	32927035	32927301	267	*	Distal Intergenic	1233	ENST00000330953.6	-24343	CCR4	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001764,GO:0002507,GO:0004950,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006935,GO:0006954,GO:0006955,GO:0007186,GO:0007204,GO:0009314,GO:0009617,GO:0009897,GO:0016493,GO:0019722,GO:0019957,GO:0043025,GO:0046677,GO:0048872,GO:0050927,GO:0060326,GO:0070098"	"hsa04060,hsa04061,hsa04062,hsa05167,hsa05203"
chr3	32940125	32940418	294	*	Distal Intergenic	1233	ENST00000330953.6	-11226	CCR4	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001764,GO:0002507,GO:0004950,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006935,GO:0006954,GO:0006955,GO:0007186,GO:0007204,GO:0009314,GO:0009617,GO:0009897,GO:0016493,GO:0019722,GO:0019957,GO:0043025,GO:0046677,GO:0048872,GO:0050927,GO:0060326,GO:0070098"	"hsa04060,hsa04061,hsa04062,hsa05167,hsa05203"
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chr3	35708538	35708758	221	*	Promoter (1-2kb)	10777	ENST00000494494.1	1564	ARPP21	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003674,GO:0003676,GO:0005516,GO:0005575,GO:0005737,GO:0008150,GO:0034605"	NA
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chr3	36763602	36764100	499	*	Promoter (<=1kb)	85443	ENST00000636136.2	453	DCLK3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004672,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005737,GO:0018105,GO:0106310,GO:0106311"	NA
chr3	36764600	36764824	225	*	Promoter (<=1kb)	85443	ENST00000636136.2	-47	DCLK3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004672,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005737,GO:0018105,GO:0106310,GO:0106311"	NA
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chr3	53996558	53996793	236	*	Distal Intergenic	58515	ENST00000485414.1	-104673	SELENOK	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002230,GO:0005515,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005789,GO:0005794,GO:0005886,GO:0006816,GO:0006979,GO:0010742,GO:0016021,GO:0018345,GO:0032469,GO:0032755,GO:0032760,GO:0042102,GO:0042802,GO:0045728,GO:0050848,GO:0051223,GO:0070059,GO:0071639,GO:2000406"	NA
chr3	54070500	54070810	311	*	"Intron (ENST00000666932.1/ENST00000666932.1, intron 2 of 2)"	55799	ENST00000415676.6	-51737	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
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chr3	54088338	54088557	220	*	"Intron (ENST00000666932.1/ENST00000666932.1, intron 2 of 2)"	55799	ENST00000415676.6	-33990	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	54106092	54106322	231	*	"Intron (ENST00000666932.1/ENST00000666932.1, intron 2 of 2)"	55799	ENST00000415676.6	-16225	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	54120654	54121458	805	*	Promoter (1-2kb)	55799	ENST00000415676.6	-1089	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	54156262	54156530	269	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 3 of 38)"	55799	ENST00000492460.5	-21266	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	54202183	54202458	276	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 3 of 38)"	55799	ENST00000468658.1	4812	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	54233274	54233575	302	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 3 of 38)"	55799	ENST00000468658.1	35903	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	54280879	54281173	295	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 3 of 38)"	55799	ENST00000478466.1	8105	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	54306551	54306845	295	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 3 of 38)"	55799	ENST00000478466.1	33777	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	54393646	54393894	249	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 5 of 38)"	55799	ENST00000478466.1	120872	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	54410223	54410442	220	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 5 of 38)"	55799	ENST00000478466.1	137449	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	54545901	54546120	220	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 6 of 38)"	790952	ENST00000583516.1	93737	ESRG	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	GO:0005634	NA
chr3	54723051	54723772	722	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 12 of 38)"	790952	ENST00000583516.1	-83194	ESRG	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	GO:0005634	NA
chr3	54822360	54822579	220	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 15 of 38)"	100874237	ENST00000471265.1	78676	CACNA2D3-AS1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr3	55004434	55004664	231	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 32 of 38)"	55799	ENST00000471865.1	-3112	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	55031009	55031282	274	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 36 of 38)"	55799	ENST00000471865.1	23233	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	55036874	55037093	220	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 36 of 38)"	55799	ENST00000471865.1	29098	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	55059455	55059698	244	*	"Intron (ENST00000415676.6/55799, intron 36 of 38)"	55799	ENST00000471865.1	51679	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	55076168	55076451	284	*	Distal Intergenic	55799	ENST00000471865.1	68392	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	55077729	55077995	267	*	Distal Intergenic	55799	ENST00000471865.1	69953	CACNA2D3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005245,GO:0005886,GO:0005891,GO:0034765,GO:0046872,GO:0061337,GO:0070588"	"hsa04010,hsa04260,hsa04261,hsa04921,hsa05410,hsa05412,hsa05414"
chr3	55106705	55106924	220	*	Distal Intergenic	105377096	ENST00000496829.1	-71248	LINC02017	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr3	104192076	104192659	584	*	Distal Intergenic	100616336	ENST00000584917.1	-667960	MIR548AB	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr3	108944303	108944570	268	*	"Intron (ENST00000393963.7/9626, intron 1 of 3)"	9626	ENST00000393963.7	9192	GUCA1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005509,GO:0005515,GO:0007165,GO:0007601,GO:0008048,GO:0022400,GO:0031284,GO:0097381"	hsa04744
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chr3	109002325	109002544	220	*	"Intron (ENST00000232603.10/27136, intron 20 of 27)"	9626	ENST00000261047.8	-48446	GUCA1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005509,GO:0005515,GO:0007165,GO:0007601,GO:0008048,GO:0022400,GO:0031284,GO:0097381"	hsa04744
chr3	109018955	109019284	330	*	"Exon (ENST00000408706.2/ENST00000408706.2, exon 1 of 1)"	9626	ENST00000261047.8	-65076	GUCA1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005509,GO:0005515,GO:0007165,GO:0007601,GO:0008048,GO:0022400,GO:0031284,GO:0097381"	hsa04744
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chr3	111497020	111497574	555	*	"Exon (ENST00000497896.1/ENST00000497896.1, exon 1 of 2)"	10225	ENST00000438817.6	-44576	CD96	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0002728,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006954,GO:0006955,GO:0007155,GO:0007160,GO:0007160,GO:0032496,GO:0032689,GO:0050776"	NA
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chr3	130313598	130313889	292	*	Distal Intergenic	256076	ENST00000312481.11	-31627	COL6A5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0030020,GO:0030020,GO:0062023,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130326592	130326926	335	*	Distal Intergenic	256076	ENST00000312481.11	-18590	COL6A5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0030020,GO:0030020,GO:0062023,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130330058	130330277	220	*	Distal Intergenic	256076	ENST00000312481.11	-15239	COL6A5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0030020,GO:0030020,GO:0062023,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
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chr3	130391371	130391615	245	*	"Exon (ENST00000312481.11/256076, exon 7 of 42)"	256076	ENST00000373157.9	45699	COL6A5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0030020,GO:0030020,GO:0062023,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
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chr3	130450101	130450490	390	*	"Intron (ENST00000312481.11/256076, intron 36 of 41)"	256076	ENST00000512482.1	6617	COL6A5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005576,GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0030020,GO:0030020,GO:0062023,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
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chr3	130509031	130509492	462	*	Distal Intergenic	131873	ENST00000358511.11	-7685	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
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chr3	130517629	130517899	271	*	Promoter (<=1kb)	131873	ENST00000358511.11	452	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130529977	130530197	221	*	"Intron (ENST00000358511.11/131873, intron 1 of 36)"	131873	ENST00000358511.11	12800	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130554303	130554522	220	*	"Intron (ENST00000358511.11/131873, intron 1 of 36)"	131873	ENST00000506143.5	-27160	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130555178	130555422	245	*	"Intron (ENST00000358511.11/131873, intron 1 of 36)"	131873	ENST00000506143.5	-26260	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130563116	130563617	502	*	"Exon (ENST00000358511.11/131873, exon 3 of 37)"	131873	ENST00000506143.5	-18065	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130565377	130565607	231	*	"Exon (ENST00000358511.11/131873, exon 4 of 37)"	131873	ENST00000506143.5	-16075	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130566707	130567149	443	*	"Exon (ENST00000358511.11/131873, exon 5 of 37)"	131873	ENST00000506143.5	-14533	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130578654	130578932	279	*	Promoter (2-3kb)	131873	ENST00000506143.5	-2750	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130591803	130592022	220	*	"Intron (ENST00000358511.11/131873, intron 13 of 36)"	131873	ENST00000511332.1	10062	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130593341	130593889	549	*	"Intron (ENST00000358511.11/131873, intron 17 of 36)"	131873	ENST00000511332.1	11600	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130603006	130603583	578	*	"Intron (ENST00000358511.11/131873, intron 20 of 36)"	131873	ENST00000511332.1	21265	COL6A6	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005576,GO:0005581,GO:0007155,GO:0030020,GO:0031012,GO:0062023"	"hsa04151,hsa04510,hsa04512,hsa04974,hsa05165"
chr3	130804682	130804901	220	*	Distal Intergenic	105374107	ENST00000647973.1	-16283	LOC105374107	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr3	130805077	130805534	458	*	Distal Intergenic	105374107	ENST00000647973.1	-15650	LOC105374107	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr3	131332488	131332739	252	*	Promoter (1-2kb)	339874	ENST00000511699.1	-1620	NUDT16-DT	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr3	167493115	167493513	399	*	"Intron (ENST00000308378.7/151790, intron 14 of 14)"	5276	ENST00000476257.6	-14143	SERPINI2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004867,GO:0005515,GO:0005615,GO:0010951,GO:0030155,GO:0070062"	NA
chr3	167556927	167557146	220	*	"Intron (ENST00000308378.7/151790, intron 5 of 14)"	151790	ENST00000476376.5	18085	WDR49	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr3	167935990	167936248	259	*	"Intron (ENST00000651627.1/ENST00000651627.1, intron 2 of 10)"	646168	ENST00000496891.1	20851	LRRC77P	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr3	169740485	169740778	294	*	Distal Intergenic	7012	ENST00000363312.1	24269	TERC	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000332,GO:0000333,GO:0000333,GO:0000781,GO:0003720,GO:0003720,GO:0003721,GO:0003721,GO:0003964,GO:0005515,GO:0005697,GO:0005697,GO:0005737,GO:0007004,GO:0015030,GO:0015030,GO:0044877,GO:0070182,GO:0071456,GO:0071897,GO:0071987,GO:0090661,GO:0090661,GO:2000773"	"hsa05200,hsa05225,hsa05226"
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chr3	169959838	169960057	220	*	"Intron (ENST00000487580.1/100128164, intron 1 of 1)"	100128164	ENST00000600502.1	6057	LOC100128164	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
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chr3	190166872	190167208	337	*	"Exon (ENST00000457517.1/ENST00000457517.1, exon 1 of 1)"	55214	ENST00000427335.6	-44435	P3H2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005506,GO:0005604,GO:0005654,GO:0005783,GO:0005783,GO:0005788,GO:0005794,GO:0005829,GO:0008285,GO:0016529,GO:0019511,GO:0019797,GO:0019797,GO:0031418,GO:0032963,GO:0032963,GO:0043231"	NA
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chr4	81030784	81031845	1062	*	Promoter (<=1kb)	651	ENST00000282701.4	76	BMP3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001501,GO:0001649,GO:0005102,GO:0005125,GO:0005615,GO:0007267,GO:0008083,GO:0010862,GO:0051216,GO:0060395,GO:0070062,GO:0070700"	hsa04060
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chr4	81215536	81216022	487	*	Promoter (<=1kb)	5593	ENST00000264399.6	-314	PRKG2	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004672,GO:0004692,GO:0005524,GO:0005829,GO:0006468,GO:0007165,GO:0016324,GO:0030553,GO:0031965,GO:0036289,GO:0042802,GO:0072659,GO:2001226"	"hsa04022,hsa04540,hsa04611,hsa04713,hsa04714,hsa04730,hsa04740,hsa04923,hsa04924,hsa04970"
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chr4	81920098	81920363	266	*	"Exon (ENST00000507622.2/ENST00000507622.2, exon 1 of 1)"	153020	ENST00000638048.1	123706	RASGEF1B	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005085,GO:0005769,GO:0005770,GO:0007264,GO:0030496,GO:0050790"	NA
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chr5	77590297	77590684	388	*	"Intron (ENST00000509971.5/55255, intron 1 of 5)"	55255	ENST00000509858.5	29892	WDR41	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005085,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005765,GO:0006914,GO:0010506,GO:0032045,GO:0050790,GO:1990316"	"hsa04140,hsa05014,hsa05022"
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chr5	109676887	109677235	349	*	Distal Intergenic	4124	ENST00000261483.5	-12692	MAN2A1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000139,GO:0000139,GO:0001701,GO:0001889,GO:0004559,GO:0004572,GO:0005797,GO:0005801,GO:0006013,GO:0006486,GO:0006491,GO:0006517,GO:0007005,GO:0007033,GO:0007585,GO:0016020,GO:0016021,GO:0016799,GO:0030246,GO:0042803,GO:0046872,GO:0048286,GO:0050769,GO:0060042,GO:0070062"	"hsa00510,hsa00513,hsa01100"
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chr5	111155006	111155315	310	*	"Exon (ENST00000508225.1/ENST00000508225.1, exon 3 of 3)"	134430	ENST00000504122.2	57999	WDR36	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0003723,GO:0005654,GO:0005730,GO:0006364,GO:0006364,GO:0007601,GO:0008150,GO:0032040,GO:0034388,GO:0050896"	hsa03008
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chr7	20508063	20508348	286	*	Distal Intergenic	340273	ENST00000404938.7	-107319	ABCB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001654,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016887,GO:0030154,GO:0042391,GO:0042626,GO:0055085,GO:0055085,GO:0055085"	hsa02010
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chr7	20528978	20529578	601	*	Distal Intergenic	340273	ENST00000404938.7	-86089	ABCB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001654,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016887,GO:0030154,GO:0042391,GO:0042626,GO:0055085,GO:0055085,GO:0055085"	hsa02010
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chr7	20594100	20594403	304	*	Distal Intergenic	340273	ENST00000404938.7	-21264	ABCB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001654,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016887,GO:0030154,GO:0042391,GO:0042626,GO:0055085,GO:0055085,GO:0055085"	hsa02010
chr7	20594754	20594984	231	*	Distal Intergenic	340273	ENST00000404938.7	-20683	ABCB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001654,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016887,GO:0030154,GO:0042391,GO:0042626,GO:0055085,GO:0055085,GO:0055085"	hsa02010
chr7	20612292	20612511	220	*	Distal Intergenic	340273	ENST00000404938.7	-3156	ABCB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001654,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016887,GO:0030154,GO:0042391,GO:0042626,GO:0055085,GO:0055085,GO:0055085"	hsa02010
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chr7	20653721	20654077	357	*	"Intron (ENST00000404938.7/340273, intron 13 of 27)"	340273	ENST00000258738.10	6299	ABCB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001654,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016887,GO:0030154,GO:0042391,GO:0042626,GO:0055085,GO:0055085,GO:0055085"	hsa02010
chr7	20670490	20670739	250	*	"Intron (ENST00000404938.7/340273, intron 14 of 27)"	340273	ENST00000258738.10	23068	ABCB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001654,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016887,GO:0030154,GO:0042391,GO:0042626,GO:0055085,GO:0055085,GO:0055085"	hsa02010
chr7	20681945	20682215	271	*	"Intron (ENST00000404938.7/340273, intron 15 of 27)"	340273	ENST00000258738.10	34523	ABCB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001654,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016887,GO:0030154,GO:0042391,GO:0042626,GO:0055085,GO:0055085,GO:0055085"	hsa02010
chr7	20682574	20682968	395	*	"Intron (ENST00000404938.7/340273, intron 15 of 27)"	340273	ENST00000258738.10	35152	ABCB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001654,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016887,GO:0030154,GO:0042391,GO:0042626,GO:0055085,GO:0055085,GO:0055085"	hsa02010
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chr7	20703288	20703620	333	*	"Intron (ENST00000404938.7/340273, intron 19 of 27)"	340273	ENST00000441315.1	-19474	ABCB5	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001654,GO:0005524,GO:0005886,GO:0005887,GO:0015562,GO:0016021,GO:0016887,GO:0030154,GO:0042391,GO:0042626,GO:0055085,GO:0055085,GO:0055085"	hsa02010
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chr7	32119668	32119979	312	*	"Intron (ENST00000396193.5/5137, intron 3 of 18)"	5137	ENST00000464881.1	-41658	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
chr7	32155553	32155954	402	*	"Intron (ENST00000396193.5/5137, intron 3 of 18)"	5137	ENST00000464881.1	-77543	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
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chr7	32222228	32222556	329	*	"Intron (ENST00000396193.5/5137, intron 1 of 18)"	5137	ENST00000396193.5	76773	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
chr7	32283554	32283886	333	*	"Intron (ENST00000396193.5/5137, intron 1 of 18)"	5137	ENST00000396193.5	15443	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
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chr7	32298860	32299873	1014	*	Promoter (<=1kb)	5137	ENST00000396193.5	0	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
chr7	32318337	32318640	304	*	"Intron (ENST00000672256.1/5137, intron 1 of 1)"	5137	ENST00000396193.5	-19008	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
chr7	32319143	32319656	514	*	"Intron (ENST00000672256.1/5137, intron 1 of 1)"	5137	ENST00000396193.5	-19814	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
chr7	32349079	32349447	369	*	"Intron (ENST00000672256.1/5137, intron 1 of 1)"	5137	ENST00000396193.5	-49750	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
chr7	32355162	32355462	301	*	"Intron (ENST00000672256.1/5137, intron 1 of 1)"	5137	ENST00000396193.5	-55833	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
chr7	32400725	32400977	253	*	"Intron (ENST00000672256.1/5137, intron 1 of 1)"	5137	ENST00000672256.1	27154	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
chr7	32410624	32410925	302	*	"Intron (ENST00000672256.1/5137, intron 1 of 1)"	5137	ENST00000672256.1	17206	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
chr7	32416023	32416417	395	*	"Intron (ENST00000672256.1/5137, intron 1 of 1)"	5137	ENST00000672256.1	11714	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
chr7	32419596	32419888	293	*	"Intron (ENST00000672256.1/5137, intron 1 of 1)"	5137	ENST00000672256.1	8243	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
chr7	32427678	32428915	1238	*	Promoter (<=1kb)	5137	ENST00000672256.1	0	PDE1C	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004114,GO:0004117,GO:0005516,GO:0005829,GO:0007165,GO:0043025,GO:0046872,GO:0048101"	"hsa00230,hsa01100,hsa04020,hsa04740,hsa04742,hsa04924,hsa05032"
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chr7	43325569	43325847	279	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 4 of 27)"	23072	ENST00000481031.5	-51931	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
chr7	43349135	43349406	272	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 4 of 27)"	23072	ENST00000481031.5	-28372	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
chr7	43351083	43351302	220	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 4 of 27)"	23072	ENST00000481031.5	-26476	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
chr7	43368639	43368858	220	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 5 of 27)"	23072	ENST00000481031.5	-8920	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
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chr7	43402081	43402320	240	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 6 of 27)"	23072	ENST00000471043.1	5408	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
chr7	43407828	43408047	220	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 7 of 27)"	23072	ENST00000471043.1	11155	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
chr7	43418983	43419276	294	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 7 of 27)"	23072	ENST00000471043.1	22310	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
chr7	43424287	43424546	260	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 7 of 27)"	23072	ENST00000471043.1	27614	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
chr7	43431377	43431596	220	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 7 of 27)"	23072	ENST00000471043.1	34704	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
chr7	43445090	43445381	292	*	"Exon (ENST00000453890.5/23072, exon 10 of 28)"	23072	ENST00000461842.1	-34227	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
chr7	43473014	43473233	220	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 14 of 27)"	23072	ENST00000461842.1	-6375	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
chr7	43479309	43479547	239	*	Promoter (<=1kb)	23072	ENST00000461842.1	-61	HECW1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000209,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005829,GO:0016567,GO:0043161,GO:0045732,GO:0048814,GO:0061630,GO:0061630,GO:0090090,GO:2000650"	NA
chr7	43511156	43511375	220	*	"Exon (ENST00000436105.1/100506895, exon 2 of 3)"	100506895	ENST00000436105.1	11167	LUARIS	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr7	43511944	43512191	248	*	"Exon (ENST00000436105.1/100506895, exon 2 of 3)"	100506895	ENST00000436105.1	10351	LUARIS	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr7	43536800	43537117	318	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 22 of 27)"	100506895	ENST00000436105.1	-14258	LUARIS	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr7	43537942	43538172	231	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 22 of 27)"	100506895	ENST00000436105.1	-15400	LUARIS	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	NA	NA
chr7	43561043	43561294	252	*	"Intron (ENST00000453890.5/23072, intron 27 of 27)"	9263	ENST00000462448.1	-21464	STK17A	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004674,GO:0004674,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005886,GO:0006468,GO:0006915,GO:0016607,GO:0035556,GO:0035556,GO:0043065,GO:0043065,GO:0106310,GO:0106311,GO:2000271,GO:2000377"	NA
chr7	43569462	43569708	247	*	Distal Intergenic	9263	ENST00000462448.1	-13050	STK17A	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004674,GO:0004674,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005886,GO:0006468,GO:0006915,GO:0016607,GO:0035556,GO:0035556,GO:0043065,GO:0043065,GO:0106310,GO:0106311,GO:2000271,GO:2000377"	NA
chr7	43829176	43829514	339	*	Distal Intergenic	644	ENST00000486984.1	28767	BLVRA	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0004074,GO:0004074,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005829,GO:0008270,GO:0042167,GO:0070062,GO:0106276,GO:0106277"	"hsa00860,hsa01100"
chr7	44104697	44105380	684	*	Promoter (<=1kb)	165	ENST00000455443.5	0	AEBP1	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000122,GO:0000122,GO:0000977,GO:0000977,GO:0001227,GO:0001227,GO:0001227,GO:0004181,GO:0005201,GO:0005516,GO:0005518,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005634,GO:0005737,GO:0006518,GO:0008270,GO:0016485,GO:0062023,GO:0062023,GO:0070062,GO:1904026"	NA
chr7	44197892	44198170	279	*	Promoter (<=1kb)	2645	ENST00000476008.1	0	GCK	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0001678,GO:0004340,GO:0004340,GO:0004340,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005536,GO:0005654,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005829,GO:0005829,GO:0006096,GO:0006110,GO:0006110,GO:0008865,GO:0019158,GO:0032024,GO:0032869,GO:0042593,GO:0044320,GO:0045721,GO:0045725,GO:0046835,GO:0050796,GO:0050796,GO:0051156,GO:0051156,GO:0051594,GO:0061621"	"hsa00010,hsa00052,hsa00500,hsa00520,hsa00524,hsa01100,hsa01200,hsa04910,hsa04911,hsa04917,hsa04922,hsa04930,hsa04950,hsa05230"
chr7	44368624	44368843	220	*	"Exon (ENST00000624861.1/ENST00000624861.1, exon 1 of 1)"	23386	ENST00000475952.1	23665	NUDCD3	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0005515,GO:0005737,GO:0005868,GO:0006457,GO:0051082,GO:0060271,GO:1905793"	NA
chr7	44928306	44928525	220	*	Distal Intergenic	5814	ENST00000395699.5	-42776	PURB	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000122,GO:0000977,GO:0000981,GO:0001227,GO:0003697,GO:0003723,GO:0003729,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005654,GO:0006357,GO:0008134,GO:0008283,GO:0030154,GO:0032422,GO:0045637,GO:0046332"	NA
chr7	44962133	44963185	1053	*	3 UTR	64005	ENST00000488554.5	11921	MYO1G	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000146,GO:0001891,GO:0002456,GO:0005516,GO:0005524,GO:0005546,GO:0005547,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005902,GO:0006887,GO:0007015,GO:0015629,GO:0016020,GO:0016459,GO:0030027,GO:0030050,GO:0030175,GO:0030898,GO:0031256,GO:0031589,GO:0031982,GO:0038096,GO:0043325,GO:0051015,GO:0070062,GO:0071976,GO:0072678,GO:0120117"	hsa05130
chr7	64160452	64160681	230	*	Distal Intergenic	730291	ENST00000429565.5	-46522	ZNF735	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000978,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872"	hsa05168
chr7	64271562	64271781	220	*	Distal Intergenic	168417	ENST00000255746.7	22444	ZNF679	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872"	hsa05168
chr7	64271858	64272077	220	*	Distal Intergenic	168417	ENST00000255746.7	22740	ZNF679	primary breast cancer	h3k27me3	GSE40867	"GO:0000978,GO:0000981,GO:0005515,GO:0005634,GO:0006355,GO:0006357,GO:0046872"	hsa05168
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